2023年12月15日
之前我们分享过关于我们公司三大部门齐上阵,历时长久建立起来的MetMap™具体是什么,但是肯定还会有很多老师很疑问,这个到底可以怎样发挥作用呢?今天,我们就用实战案例来看一下如何把MetMap™的图用到自己的文章中。
1.通路图的重要性
今年年初的时候,我们在对不同代谢组学期刊所刊登的文章进行拆解分析后发现,通路图在代谢组学的文章中为中频分析内容,而在转录组+代谢组学的文章中,通路图为当之无愧的最高频分析内容,这说明,不论应用哪种组学技术进行研究,通路图都是其中非常重要的一环。
2.目前通路图绘制存在的难点
而在不同研究类型的文章中,我们也发现研究越深入,通路图也会绘制的更细致。而对于学生物的我们来说,自主构建一条通路需要耗费巨大的精力,因此我们常常依赖于KEGG通路,不得不否认,KEGG确实收录了很多物质,也有多条通路。
但是近两年,我们也发现KEGG的使用越来越受到限制,对于检出逐渐增多的物质以及物种特异性的物质,其注释程度非常有限。例如,我们在KEGG数据库中检索淫羊藿典型的黄酮物质Epimedoside A(淫羊藿苷 A),结果如下:
而从一篇淫羊藿的研究文献来看,其典型物质Epimedoside A(淫羊藿苷 A)不仅存在合成通路,上下游的物质也较为明确。
图1.淫羊藿中的合成通路(Yao Y et al.2022)
而这样的物质并不是偶然,我们对KEGG数据库2022年和2023年的具体情况进行分析,结果我们可以发现,KEGG数据库虽然在收录物质数量上有略微提升,但是通路上新增的代谢物数据量只有123种,而在最为典型的黄酮代谢通路K00941和K00942上没有新增物质。如此新增的速度显然与过去一年内在通路研究上新增的物质注释不符,这样下来即使植物广泛靶向®代谢组可以检出再多的物质(目前可以检出1500-2200种),也无法充分利用起来,大量物质没有参与到重要的分析中。
表1.KEGG数据库2022年和2023年数据情况对比
这样看来,除了KEGG数据库以外,我们还需要多种方法来获取得到更多的通路信息,才能让自己的通路看起来不一样。
3.MetMap 怎么用?
我们基于以上的问题,综合多个资源,构建了MetMapTM通路图,力图扫净通路研究、通路绘制上的诸多障碍。
注:圆圈代表代谢物,方框代表酶(基因);尊重版权,请勿做其他商业用途
基于知识产权保护,我们对部分内容加上了马赛克,感谢各位老师的理解
那么这些图可以怎么用呢?
(1)第一种用途:我们会发现这张图的走向与KEGG通路图较为类似,因此可以直接将这张图替代原本的KEGG通路图直接放入文章,然后参照我们之前分享过的关于通路图的描述方式进行描述即可。可以达到给文章新增亮点:物质更新颖,通路更新颖。具体如下:
(2)第二种用途:可以作为我们自己绘图的模板,直接将有需要的物质提取出来进行绘制,可以极大程度的减少复杂的通路构建工作。也可以达到物质注释更多、物质注释更特异、基因注释更丰富的效果,一次解决三大难题。
迈维基于代谢(Metabolic)和通路(Map)自主创新构建的新一代通路MetMapTM,欢迎您来咨询。
